Bioinformatika

BioInformatika belakangan ini mulai banyak dibicarakan khususnya dikalangan peneliti dan akademisi. Bioinformatika berasal dari bio dan informatika yang merupakan gabungan antara ilmu biologi dan teknik informatika yaitu TI. Bioinformatika merupakan ilmu baru yang masih hangat dan perlu untuk disosialisasikan kepada masyarakat. Arti bioinformatika secara umum dapat diartikan sebagai aplikasi komputasi dan analisa biologi sehingga dapat diinterprestasikan data-data berdasarkan teknik informatika. Walaupun ilmu ini masih tergolong baru namun dengan pesatnya perkembangan teknologi informasi maka berbagai ilmu lain seperti matematika, fisika, biologi, dan ilmu kedokteran banyak menggunakan aplikasi komputer untuk berbagai penelitiannya sehingga dengan demikian semua disiplin ilmu tersebut seperti tidak terpisahkan dan tidak berhubuungan satu sama lainnya.

Bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence. Pada waktu itu para ahli TI berpikir bahwa semua gejala yang ada di dunia ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi. Untuk mewujudkan hal tersebut diperlukan data-data yang berhubungan dengan bioinformatika yang penting ketika manajemen data dari dunia biologi, kedokteran dan lain-lain, karena perangkat utama dari Bioinformatika adalah hardware dan software. Di samping itu tentu dengan meluasnya pemakaian jaringan internet bioinformatika mulai banyak diseminarkan dan banyak dicari keberadaannya. Bahkan kini sudah mulai banyak situs-situs bioinformatika yang kapan saja bisa dikunjungi.

Peran bioinformatika berdampak ketika semua pekerjaan termasuk pekerjaan medis sudah memanfaatkan kecanggihan komputer, baik untuk mendiagnosa maupun untuk melakukan terapi. Salah satu kinik terkemuka di US Mayo Clinic mengumumkan bahwa mereka telah  mengembangkan serangkaian peralatan Magnetic Resonance Imaging (MRI) yang  memudahkan diagnosis cedera-cedera dan penyakit-penyakit yang menimpa pergelangan   tangan,  lengan,  siku,  tangan  dan  jari-jari.  Mayo  telah memperoleh  izin  dari FDA (Food and Drugs Administration) untuk memasarkan dan  mengkomersialkan  peralatan-peralatan ini agar peralatan-peralatan ini juga tersedia di pusat-pusat medis di seluruh Amerika Serikat.

sumber : http://prakom.lipi.go.id/?p=61

NCBI

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Penetrasi Teknologi Informasi (TI) dalam berbagai disiplin ilmu telah melipatgandakan perkembangan ilmu bersangkutan. Berbagai kajian baru bermunculan, sejalan dengan perkembangan TI itu sendiri dan disiplin ilmu yang didukungnya. Aplikasi TI dalam bidang biologi molekul telah melahirkan bidang Bioinformatika. Kajian ini semakin penting, sebab perkembangannya telah mendorong kemajuan bioteknologi di satu sisi, dan pada sisi lain memberi efek domino pada bidang kedokteran, farmasi, lingkungan dan lainnya.

Dunia perikanan adalah bidang yang pada zaman ini mau tidak mau harus mengikuti teknologi yang semakin berkembang. Bidang ini memang terus selalu berkembang, hal ini dikarenakan sifat manusia yang selalu merasa kurang puas akan sebuah hal. Namun  kemampuan manusia dengan memanipulasi lingkungan contohnya menambah oksigen agar padat tebar dapat ditngkatkan atau dengan memanfaatkan bioteknologi memodifikasi genetika untuk mendapatkan kultivan yang lebih unggul maupun  menambahkan bakteri probiotik dan pakan berprotein tinggi (30%) sehingga FCRnya baik.

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom. Dapat diartikan juga suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.

National Center of Biotechnologi Informasi yang telah didirikan sejak tahun 1998 sebagai nasional untuk informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yag dapat diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk menganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedik yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia. Keuntungan atau kelebihan yang di dapat terutama pada bidang pendidikan baik bagi guru, siswa, ataupin mahasiswa dalah dapat mengakses semua informasi yang disebut Entrez yaitu sebuah sistem untuk pencarian dan menemukan kembali yang mengintegrasikan urutan nukleotida, urutan protein, dan struktur makromolekul seluruh genom, serta literatur ilmiah. Program, databases and software yang terdapatdi NCBI antara lain:

1.  Entrez

Entrez merupakan  sistem  pencarian  informasi  dalam NCBI  yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan  sekuensing, pemetaan  (mapping),  taksonomi dan data struktural.  Entrez  juga  menyediakan  gambaran  grafis  untuk  mapping  sekuen  dan kromosom.

2.  Nucleotide Database

Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).

3.  Analisis Alligment  dengan Blast

Sekuen yang diperoleh dari hasil penelitian di laboratorium dapat dianalisis dengan data serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya di gen bank. Salah satu bentuk analisis yang dapat dilakukan misalnya adalah anlisis penyejajaran. Analisis penyejajran dapat digunakan untuk membandingkan dua sekuen atau lebih. Program yang digunakan untuk analisis penyejajaran yaitu program BLAST (Basic Local Allignment Search Tools).

4. Desain Primer PCR (Polimerase Chain Reaction)

PCR melibatkan tiga langkah berikut: denaturasi, annealing dan ekstensi. Pertama, materi genetik (DNA) didenaturasi, mengubah untai ganda molekul DNA menjadi untai tunggal. Kedua, Primer kemudian mengikat ke DNA komplementer nya (annealing). ketiga, DNA akan digandakan/diperpanjang oleh DNA polimerase.

5.Analisis Struktur Protein

Beberapa sekuens protein memiliki motif asam amino yang membentuk struktur terkarakteristik. Prediksi struktur tersebut berasal dari sekuens yang tersedia. Kebanyakan metode yang digunakan untuk membuat struktur protein dua dimensi maupun tiga dimensi tersebut hanya memiliki tingkat akurasi 70-75 %. Namun akurasi tersebut dapat meningkat seiring dengan semakin banyaknya penelitian yang dilakukan di bidang bioinformatika. Tujuan dari analisis struktur protein ini untuk mempelajari cara dan mendapatkan data struktur 3D protein dari genbank dan menganalisa struktur 3D protein menggunakan program Pymol.

Sumber :

·         Anonim, Ferritin, www.nlm.nih.gov/medlinepus , last update 1/12/2009 by Todd Gersten

·         www.ncbi.nlm.nih.gov