APLIKASI UNTUK MEMECAHKAN BIOAUGMENTATION AMONIA DALAM DARI ENDAPAN MENENGAH BUDAYA UDANG TIGER

(Penaeus monodon F.) DI salinitas BERBEDA Masalah konsentrasi polutan tinggi seperti pakan dimakan dan produk-produk limbah dalam sedimen telah sering dihadapi di penaid udang (windu Penaus F.) budaya dan pada gilirannya, dapat mengurangi kualitas air (Maguire dan Allan, 1990). Meningkatnya polutan atau zat beracun dalam sedimen baik dan air menyebabkan limitatian kehidupan proses dan dalam kondisi tertentu, mungkin meningkatkan mortalitas udang (Apud, 1989; Maguire dan Allan, 1990). Makan tidak tepat menyebabkan meningkatnya bahan organik sampah di keinginan brockish kolam sedimen (Maguire dan Allan, 1990). Untuk mengatasi penurunan kualitas udang windu karena budaya media konsentrasi amonia meningkat, biologi metode (bioaugmentation) dapat dilakukan (Kinne, 1976; Liong dan Subraniam, 1996). Salah satu bioaugmentation ini dilakukan menggunakan probiotik "epicin" yang berisi bakteri dekomposer (Briggs dan Turnbull, 1995; Kinne, 1976; Sarjito et al, 1999). Bioaugementation telah digunakan dalam budidaya udang, namun studi tentang itu adalah sangat terbatas (Liong dan Subraniam, 1996). Efektivitas nitrifikasi adalah dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti: beracun zat, suhu, pH, oksigen terlarut dan salinitas (Briggs dan Turnbull, 1995; Spotte, 1979). Epicin sangat terkonsentrasi, stabil kompleks, biologi berisi campuran nonpathogenic genetik yang dipilih, tahan antibiotik (Briggs dan Turnbull, 1995).

Berdasarkan penyelidikan sebelumnya dilaporkan oleh Sarjito et al. (1999), itu menunjukkan bahwa epicin mampu mengurangi ammona di budaya media pada kisaran salinitas 20-30 ppt. Oleh karena itu, membutuhkan studi lebih lanjut tentang penerapan bioaugmentation untuk mengurangi amonia dalam sedimen, untuk mengetahui dosis yang tepat. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk menyelidiki kedua mempengaruhi dan efektivitas bioaugmentation pada pengurangan amonia dalam sedimen media kultur dari udang windu.

·         BAHAN DAN METODE

Penelitian ini dilakukan di pembenihan dari Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro. Bioaugmentation digunakan probiotik "epicin". Epicin adalah merek dagang probiotik yang mengandung dekomposer atau bakteri nitrifikasi (Liong dan Subraniam, 1996). Sedimen diambil dari Intensif ingin brockish tambak payau Proyek Pengembangan Budidaya (BADP), Jepara, Indonesia. Skala laboratorium percobaan dan dibagi desain petak acak diterapkan. Untuk menyelidiki pengaruh epicin untuk ammonia sampah di tanah yang ingin brockish kolam intensif, Studi yang dibutuhkan 7 hari di bawah laboratorium kondisi. Dosis epicin diterapkan (0; 0,5; 1,0, dan 1,5 ppm) hanya diterapkan sekali pada awal penelitian (suatu amonia yang ideal konsentrasi 0,4 ppm sekitar). Dosis diterapkan didasarkan pada percobaan sebelumnya dilakukan (Anonim, 1996; Noor (1996); Sarjito et al, 1999). Amonia dalam sedimen dianalisa setiap dua hari menggunakan metode Parsons et al. (1989). Harian berdasarkan pH, oksigen terlarut, suhu dan salinitas dilakukan. Anova digunakan untuk menganalisis data.

·         HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasilnya menunjukkan bahwa pengurangan ammonoiam dalam sedimen dari budidaya menengah Tiger udang berhubungan dengan dosis epicin, sehingga meningkatkan dosis, diikuti oleh tinggi mengurangi amonia dalam sedimen. Diskusi Bioaugmentation mampu mengurangi ammonia konsentrasi sedimen. Ini mungkin disebabkan oleh bakteri yang mampu epicin untuk accimilatize dengan lingkungan mereka, dan kemudian didukung alami bakteri untuk mengurangi amonia dalam sedimen dalam rangka untuk mendapatkan energi untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup (Apud, 1989; Mencolok dan mencolok, 1981; Spotte, 1979). Selain itu, juga berisi epicin alami pertumbuhan mikroba stimulan yang dapat meningkatkan laju pertumbuhan alami mikroba, sehingga meningkatkan pemanfaatan ammonia sampah di sedimen (Briggs ang Turnbull, 1995). Formulasi juga telah dikembangkan untuk digunakan untuk budidaya udang intensif, dalam rangka untuk mengurangi akumulasi limbah di kedua air dan sedimen tambak berharap brockish seperti: amonia, nitrit, nitrat, untuk mengurangi umpan dimakan di Kolam Permintaan brockish sedimen, dan untuk meningkatkan kualitas air (Anonim, 1996).

Kesimpulan dari percobaan ini menunjukkan bahwa bioaugmentation menggunakan probiotik epicin mampu mengurangi amonia dalam sedimen dari medium kultur udang Tiger. Meskipun tidak mempengaruhi salinitas pada bioaugmentation bekerja, namun dosis dan hari pengamatan tidak berpengaruh secara signifikan pada pengurangan amonia dalam sedimen. Ini juga ditentukan bahwa yang paling efektif dosis bioaugmentation menggunakan probiotik adalah 1,5 ppm epicin.

http://ejournal.undip.ac.id/index.php/coastdev/article/view/890

Bioinformatika Pada Perikanan

Penerapan bioteknologi dalam pengembangan akuakultur merupakan salahsatu langkah dalam peningkatan target produksi budidaya, khususnya budidaya ikan gurame. Aplikasi bioteknologi rekombinan hormone pertumbuhan (rGH) dalam meningkatkan laju pertumbuhan ikan gurame dan meningkatkan kelangsungan hidup ikan gurame tersebut dan pendapatan budidaya ikan. Pemberian protein rGH dilkukan dengan metode penyuntikan dan melalui pakan.






sumber :
http://repository.ipb.ac.id/bitstream/handle/123456789/44295/PKM-GT-11-IPB-PUSTIKA-PENERAPAN%20BIOTEKNOLOGI%20REKOMBINAN%20GROWTH%20HORMONE.pdf

PENGGUNAAN METODE ANALISA EKOLOGI DAN PENGINDERAAN JAUH UNTUK PEMBANGUNAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS EKOSISTEM PANTAI

salam mahasiswa, untuk memenuhi tugas teknologi informasi tentang Sistem Informasi Geografis dan Pengeindraan Jarak Jauh pada blog dapat dilihat di http://journal.ui.ac.id/upload/artikel/05-Penggunaan%20Metode%20Analisa_Bangun.PDF



 Di bawah ini adalah hasil resume dari jurnal : 
          Indonesia merupakan negara kepulauan yang terbesar di dunia dengan jumlah pulau lebih dari 13.700 pulau dan memiliki luas 1.919.443 km2 memanjang sepanjang 5.000 km dari Barat ke Timur dan 1.700 km dari Utara ke Selatan. Letak geografis Indonesia antara 95º BT sampai dengan 141º BT dan antara 6º LU sampai dengan 11º LS. Pulau Jawa adalah pulau yang sangat penting bagi Indonesia. Jika dilihat luasnya maka relatif sangat kecil yaitu sekitar 13,22 juta hektar atau hanya sekitar 7 % dari seluruh wilayah Indonesia, tetapi pulau ini dihuni oleh 60 % penduduk Indonesia sebanyak 120 juta jiwa [1]. Berdasarkan keadaan tersebut maka tekanan terhadap linkungan yang dialami pulau Jawa akibat aktivitas kehidupan manusia tentu sangat berat. Lingkungan yang merasakan dampak tersebut terutama lingkungan di daerah pesisir, mengingat daerah tersebut paling mudah untuk dieksploitasi dan dapat dilakukan
budidaya pertanian atau perikanan. Perkembangan dalam dekade terakhir memperlihatkan bahwa penggunaan lahan di daerah pesisir bukan hanya untuk pertanian atau perikanan saja tetapi juga reklamasi lahan untuk daerah penambakkan udang yang intensif, bangunan untuk industri dan pemukiman.
Kondisi kerusakan lingkungan untuk kota-kota besar di Pulau Jawa seperti Jakarta dan Surabaya sudah terjadi sangat parah. Hal ini disebabkan pengembangan dan pengelolaan pantai sangat tidak terintegrasi dan tidak didukung oleh pengetahuan yang cukup memadai tentang pengelolaan wilayah pantai yang secara ekosistem sangat fragile terhadap perubahan internal maupun eksternal. Wilayah pantai merupakan merupakan daerah transisi dari daratan ke lautan yang relatif belum stabil. Untuk perencanaan dan pengelolaan daerah pesisir yang lebih baik, maka para pengambil keputusan membutuhkan data
yang teliti, lengkap, aktual dan mudah diintegrasikan dengan data yang lain. Hal ini dapat dipenuhi oleh data atau informasi yang berasal dari Sistem Informasi Geografis melalui analisis ekologi dan penginderaan jauh.
Metode SIG dapat berguna dalam perencanaan dan pengelolaan wilayah pesisir sehingga dapat dilakukan dengan baik dan terarah serta dapat menghindari eksploitasi yang tidak terkendali.
Penelitian yang lebih mendalam tentang metode SIG yang ditawarkan masih sangat luas dan belum sempurna mengingat setiap kasus yang dihadapi dapat menimbulkan permasalahan baru yang dapat menimbulkan pemikiran dan teknik-teknik tertentu. Penggabungan disiplin ilmu pengetahuan sangat memungkinkan dan sangat diperlukan dalam pengembangan SIG.

Bioinformatika

BioInformatika belakangan ini mulai banyak dibicarakan khususnya dikalangan peneliti dan akademisi. Bioinformatika berasal dari bio dan informatika yang merupakan gabungan antara ilmu biologi dan teknik informatika yaitu TI. Bioinformatika merupakan ilmu baru yang masih hangat dan perlu untuk disosialisasikan kepada masyarakat. Arti bioinformatika secara umum dapat diartikan sebagai aplikasi komputasi dan analisa biologi sehingga dapat diinterprestasikan data-data berdasarkan teknik informatika. Walaupun ilmu ini masih tergolong baru namun dengan pesatnya perkembangan teknologi informasi maka berbagai ilmu lain seperti matematika, fisika, biologi, dan ilmu kedokteran banyak menggunakan aplikasi komputer untuk berbagai penelitiannya sehingga dengan demikian semua disiplin ilmu tersebut seperti tidak terpisahkan dan tidak berhubuungan satu sama lainnya.

Bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence. Pada waktu itu para ahli TI berpikir bahwa semua gejala yang ada di dunia ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi. Untuk mewujudkan hal tersebut diperlukan data-data yang berhubungan dengan bioinformatika yang penting ketika manajemen data dari dunia biologi, kedokteran dan lain-lain, karena perangkat utama dari Bioinformatika adalah hardware dan software. Di samping itu tentu dengan meluasnya pemakaian jaringan internet bioinformatika mulai banyak diseminarkan dan banyak dicari keberadaannya. Bahkan kini sudah mulai banyak situs-situs bioinformatika yang kapan saja bisa dikunjungi.

Peran bioinformatika berdampak ketika semua pekerjaan termasuk pekerjaan medis sudah memanfaatkan kecanggihan komputer, baik untuk mendiagnosa maupun untuk melakukan terapi. Salah satu kinik terkemuka di US Mayo Clinic mengumumkan bahwa mereka telah  mengembangkan serangkaian peralatan Magnetic Resonance Imaging (MRI) yang  memudahkan diagnosis cedera-cedera dan penyakit-penyakit yang menimpa pergelangan   tangan,  lengan,  siku,  tangan  dan  jari-jari.  Mayo  telah memperoleh  izin  dari FDA (Food and Drugs Administration) untuk memasarkan dan  mengkomersialkan  peralatan-peralatan ini agar peralatan-peralatan ini juga tersedia di pusat-pusat medis di seluruh Amerika Serikat.

sumber : http://prakom.lipi.go.id/?p=61

NCBI

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Penetrasi Teknologi Informasi (TI) dalam berbagai disiplin ilmu telah melipatgandakan perkembangan ilmu bersangkutan. Berbagai kajian baru bermunculan, sejalan dengan perkembangan TI itu sendiri dan disiplin ilmu yang didukungnya. Aplikasi TI dalam bidang biologi molekul telah melahirkan bidang Bioinformatika. Kajian ini semakin penting, sebab perkembangannya telah mendorong kemajuan bioteknologi di satu sisi, dan pada sisi lain memberi efek domino pada bidang kedokteran, farmasi, lingkungan dan lainnya.

Dunia perikanan adalah bidang yang pada zaman ini mau tidak mau harus mengikuti teknologi yang semakin berkembang. Bidang ini memang terus selalu berkembang, hal ini dikarenakan sifat manusia yang selalu merasa kurang puas akan sebuah hal. Namun  kemampuan manusia dengan memanipulasi lingkungan contohnya menambah oksigen agar padat tebar dapat ditngkatkan atau dengan memanfaatkan bioteknologi memodifikasi genetika untuk mendapatkan kultivan yang lebih unggul maupun  menambahkan bakteri probiotik dan pakan berprotein tinggi (30%) sehingga FCRnya baik.

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom. Dapat diartikan juga suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.

National Center of Biotechnologi Informasi yang telah didirikan sejak tahun 1998 sebagai nasional untuk informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yag dapat diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk menganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedik yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia. Keuntungan atau kelebihan yang di dapat terutama pada bidang pendidikan baik bagi guru, siswa, ataupin mahasiswa dalah dapat mengakses semua informasi yang disebut Entrez yaitu sebuah sistem untuk pencarian dan menemukan kembali yang mengintegrasikan urutan nukleotida, urutan protein, dan struktur makromolekul seluruh genom, serta literatur ilmiah. Program, databases and software yang terdapatdi NCBI antara lain:

1.  Entrez

Entrez merupakan  sistem  pencarian  informasi  dalam NCBI  yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan  sekuensing, pemetaan  (mapping),  taksonomi dan data struktural.  Entrez  juga  menyediakan  gambaran  grafis  untuk  mapping  sekuen  dan kromosom.

2.  Nucleotide Database

Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).

3.  Analisis Alligment  dengan Blast

Sekuen yang diperoleh dari hasil penelitian di laboratorium dapat dianalisis dengan data serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya di gen bank. Salah satu bentuk analisis yang dapat dilakukan misalnya adalah anlisis penyejajaran. Analisis penyejajran dapat digunakan untuk membandingkan dua sekuen atau lebih. Program yang digunakan untuk analisis penyejajaran yaitu program BLAST (Basic Local Allignment Search Tools).

4. Desain Primer PCR (Polimerase Chain Reaction)

PCR melibatkan tiga langkah berikut: denaturasi, annealing dan ekstensi. Pertama, materi genetik (DNA) didenaturasi, mengubah untai ganda molekul DNA menjadi untai tunggal. Kedua, Primer kemudian mengikat ke DNA komplementer nya (annealing). ketiga, DNA akan digandakan/diperpanjang oleh DNA polimerase.

5.Analisis Struktur Protein

Beberapa sekuens protein memiliki motif asam amino yang membentuk struktur terkarakteristik. Prediksi struktur tersebut berasal dari sekuens yang tersedia. Kebanyakan metode yang digunakan untuk membuat struktur protein dua dimensi maupun tiga dimensi tersebut hanya memiliki tingkat akurasi 70-75 %. Namun akurasi tersebut dapat meningkat seiring dengan semakin banyaknya penelitian yang dilakukan di bidang bioinformatika. Tujuan dari analisis struktur protein ini untuk mempelajari cara dan mendapatkan data struktur 3D protein dari genbank dan menganalisa struktur 3D protein menggunakan program Pymol.

Sumber :

·         Anonim, Ferritin, www.nlm.nih.gov/medlinepus , last update 1/12/2009 by Todd Gersten

·         www.ncbi.nlm.nih.gov